Klášter augustiniánů založil král Václav II. v roce 1285. Neprodleně po začátku stvaby kláštera se začalo i se stavbou kostela a konventu. K původní podobě kláštera nejsou zachovány přímé doklady. Mezi nejstarší části dnešní podoby patří kaple sv. Doroty a část severní stěny kostela v presbytáři. Stáří kaple – asi polovina 13. století – dokládá silné zdivo a úzká okna na jižní straně. V letech 1728 - 1731 probíhala rozsáhlá přestavba kostela podle projektu K. I. Dienzenhofera. V průběhu 18. století tak kostel i konvent nabyly dnešní podoby. Kostel je svým způsobem jedinečný architektonický celek, v němž se bez rušivých momentů prolínají a navzájem doplňují tři stavební epochy – gotika, renesance a baroko. Na vnitřní výzdobě kostela se podílela řada významných umělců českého baroka. Ze starší doby to byl Karel Škréta. Ten v roce 1645 namaloval pro kostel čtyři obrazy: Nejsvětější Trojice, Nanebevzetí P.Marie, sv. Tomáše z Villanovy a sv. Mikuláše Tolentinského. Roku 1692 namaloval na zadní straně skříně varhan obraz Ukřižovaného Jana Jiřího Heintsche. Po Dientzenhoferově přestavbě v roce 1728 další významný malíř Václav Vavřinec Reiner pokryl klenbu kostela freskami s výjevy ze života sv. Augustina a sv. Tomáše, obdržel za ně v r. 1730 1500 zl. Nelze pominout Františka Xavera Pálka, který v r. 1767 vytvořil obraz sv. Rochá.
Klášterní knihovna - brzy po založení kláštera vznikla knihovna, která postupem času čítala na téměř 19 000 svazků. V současné době probíhá jednání o restituci knihovny. Nejcennější svazky proto byly odvezeny do pražského Klementina a rukopisy do Státního ústředního archivu. Klášterní pivovar - byl významnou součástí svatotomášského komplexu . Podle klášterní tradice byl založen už v roce 1352. Za husitských válek byl pivovar zničen a opravdová velkovýroba se rozběhla až v roce 1030. Nájem převzal sládek Antonín Musil, uskutečnil rozsáhlou modernizaci a přechod na strojovou velkovýrobu. Staré restaurační místnosti opatřil stylovým nábytkem a rozšířil je o původní sladovnu. Pozornost návštěvníků vždy poutaly klenuté sklepní místnosti, součástí restaurace byla nezbytná zahrada s terasovou verandou. Prostory lákaly v minulém i v našem století k posezení řadu známých umělců
ZDROJ INFORMACÍ: www.augustiniani.cz